石墨模具清洗是石墨模具維護中的關鍵工序，也是制約石墨模具維護的瓶頸。因為石墨模具的制造研發速度比石墨模具的清洗速度快很多，而且石墨模具在快速清洗后還要馬上準備下一次生產，所以留給石墨模具清洗的時間相當有限。通過對工廠的調查發現，工廠內走廊和車間的石墨模具幾乎占據了車間有限的操作空間，就等著被清洗。
什么程度的干凈才算夠？

通常成型工藝完成后，總會有污物或殘渣(具有一定的化學成分和物理特性)留在石墨模具上。對于不同種類的殘留物，最終清洗的要求是不同的。PVC等樹脂會產生氯化氫氣體，會腐蝕多種類型的石墨模具鋼。其他殘留物從阻燃劑和抗氧化劑中分離出來，這些物質會腐蝕鋼材。有些顏料和著色劑會使鋼鐵生銹，而且鐵銹很難清除。即使是普通的密封水，如果放在石墨模具的未處理面上太久，也會對石墨模具造成損傷。